Il Museo della Civiltà Contadina ha diversi spazi adibiti a deposito e gran parte della collezione non è esposta.
Il patrimonio è suddiviso e conservato in base alle dimensioni e all'area tematica di appartenenza. Dal 2021 è in corso la formazione del personale, finalizzata al riordino dei depositi secondo il metodo internazionale RE-ORG, sviluppato da ICCROM per la gestione degli spazi e per la conservazione preventiva.
Nel 2024 il Museo ha aderito alla rete di scopo
Depositi e patrimoni in rete
che riunisce professionisti di Musei che hanno partecipato alla formazione RE-ORG , sostenuta dalla Regione Emilia-Romagna - Settore Patrimonio Culturale.
Obiettivo della rete è la connessione dei professionisti esperti nella gestione dei depositi, formati secondo il metodo RE-ORG proposto da ICCROM, per sviluppare la formazione specifica e continua, scambiare supporto tecnico-scientifico e condividere progetti sui depositi. Le linee di azione per il biennio 2024-2025 sono: formazione professionale, elaborazione di linee guida condivise per la valutazione dei rischi e la gestione delle emergenze del patrimonio culturale, per la conservazione preventiva, la valorizzazione del patrimonio in deposito con aperture al pubblico su scala regionale.