Il Museo della Civiltà Contadina ha diversi spazi adibiti a deposito e gran parte della collezione non è esposta.
Il patrimonio è suddiviso e conservato in base alle dimensioni e all'area tematica di appartenenza. Dal 2021 è in corso la formazione del personale, finalizzata al riordino dei depositi secondo il metodo internazionale RE-ORG, sviluppato da ICCROM per la gestione degli spazi e per la conservazione preventiva.
Nel 2024 il Museo ha aderito alla rete di scopo Depositi e patrimoni in rete che riunisce professionisti di Musei che hanno partecipato alla formazione RE-ORG , sostenuta dalla Regione Emilia-Romagna - Settore Patrimonio Culturale.
Lo scopo della rete è la connessione tra professionisti esperti nella gestione dei depositi e la collaborazione tra le realtà istituzionali di cui fanno parte.